Генетичний та асоціативний аналіз однонуклеотидного поліморфізма g.22 G>C в гені катепсину F свиней різних порід



Є. К. Олійниченко, В. О. Вовк, Т. В. Буслик, М. О. Ільченко, В. М. Балацький

Анотація


Визначено генетичну структуру порід свиней велика біла, полтавська м’ясна, велика чорна і миргородська за геном катепсину F (CTSF g.22 G>C SNP), встановлено основні популяційні параметри. В усіх породах генетичний маркер характеризувався поліморфізмом при переважанні за частотою алеля g.22C. Рівень інформативності CTSF g.22 G>C SNP виявлено на оптимальному для асоціативного аналізу рівні (PIC= 0,358-0,375), що дозволяє здійснювати в досліджених субпопуляціях порід пошук зв’язків маркера з ознаками продуктивності свиней. В субпопуляції свиней великої білої породи української селекції проведено аналіз зв’язку генетичного маркера CTSF g.22 G>C SNP з показниками продуктивності тварин: віком досягнення живої маси 100 кг, товщиною шпику на рівні 6-го - 7-го ребра, 10-го ребра, в області крижів і середньодобовим приростом  маси та селекційним індексом. Встановлено тенденцію до асоціації зазначеного генетичного маркера  з віком досягнення тваринами живої маси 100 кг (p=0,07).

Selection in pig breeding involves a set of measures that ensure the development of animal productivity through the improvement of the animal treats, herds and breeds. Effective breeding is not possible without the involvement of new approaches that predict animal DNA genotyping by chosen polymorphisms. Cathepsine F (CTSF) is the potential candidate for marker-assosiated selection, which directly participates in fat storing processes and meat quality in pigs. The genetic structure of Ukrainian Large White, Poltava Meaty, Ukrainian Large Black and Mirgorodska pig breeds for cathepsin F gene (CTSF g.22 G> C SNP) was determined, and basic population parameters were established. In all populations, the genetic marker was characterized by polymorphism with the predominance of the g.22C allele frequency. The level of informatively of CTSF g.22 G> C SNP was found at the optimal level for associative analysis (PIC = 0.358-0.375), which allows to invest to the research of marker association studies with traits. In the subpopulation of Ukrainian Large White pig breed, the analysis of the genetic marker CTSF g.22 G> C SNP was studied by following traits: the age for reaching live weight of 100 kg, the thickness of the backfat at the level of 6th - 7th rib, 10- th ribs, in the sacrum area and the average daily weight gain. A tendency towards the association of the CTSF g.22 G> C genetic marker with the age parameter for reaching live weight of 100 kg (p = 0.07) has been established. The studied populations of pig breeds can be used for associative researches in order to find assosiations between genetical markers and meat, backfat quality parameters.



Повний текст:

PDF

Посилання


Список використаних джерел

Williams JL The use of marker-assisted selection in animal breeding and biotechnology // Rev Sci Tech. − 2005, − № 24. − P. 379–91.

Cui Y Mapping quantitative trait loci in selected breeding populations: A segregation distortion approach / Y Cui, F Zhang, J Xu, Z Li, S Xu // Heredity (Edinb). — 2015; —№ 115(6). — Р. 538–546.

NCBI, [Електронний ресурс]: [База даних]. – Електронні дані.– Режим доступа: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/100520004. (25.11.2017).

Russo V. Linkage mapping of the porcine cathepsin F (CTSF) gene close to the QTL regions For meat and Fat deposition traits on pig chromosome 2 / V. Russo, L. Fontanesi, R. Davoli, S. Galli // Anim. Genet. – 2004. – Vol. 35. – Р. 155–157.

Russo V. Association of the CTSB,CTSF and CSTB genes with growth, carcass and meat quality traits in heavy pigs / V. Russo, R. Davoli, Costa L. Nanni, L. Fontanesi, C. Baiocco, L. Buttazzoni, S. Galli, R.Virgili // Italian Journal oF Animal Science. – 1998. – Vol. 2. – Р. 67–69.

NCBI RS database, [Електронний ресурс]: [База даних]. – Електронні дані.– Режим доступа: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref (24.03.2018).

Hao LL Single nucleotide polymorphism analysis of exons 3 and 4 of IGF-1 gene in pigs / LL Hao, H Yu, Y Zhang, SC Sun, SC Liu, YZ Zeng // Genet. Mol. Res. − 2011. – Vol. 10. – P. 1689–95.

Balatsky V.N. Sequence variation in the cathepsin B (CTSB), L (CTSL), S (CTSS) and K (CTSK) genes in Ukrainian pig breeds / V.N. Balatsky, K. F. Pochernyaev, T.V. Buslyk, O.S.Dykan, S.N. Korinnyi, R. Pena, O. Doran // Global J. Anim. Breed. Genet., − 2015. – Vol. 3 (3), − P. 117−124.

Dan J Nonneman, Tami Brown–Brandl,Shuna A., Jones,Ralph T Wiedmann, Gary A., Rohrer A defect in dystrophin causes a novel porcine stress syndrome // BMC Genomics. – 2012. – Vol. 13. – P. 233–238.

Peakall R. GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research / R.Peakall, P.E. Smouse //Molecular Ecology Notes. – 2006. – Vol. 6, − P. 288–295.

PIC calculator, [Elektronniy resurs] : [Internet-programa]. – ElektronnI danI.– Rezhim dostupa: http://www.liv.ac.uk/~kempsj/pic.html (05.09.2018).


Метрики статей

Завантаження метрик ...

Metrics powered by PLOS ALM

Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.