Генетичний та асоціативний аналіз однонуклеотидного поліморфізма g.22 G>C в гені катепсину F свиней різних порід



DOI: http://dx.doi.org/10.31548/animal2019.01.021

Y. Oliinychenko, V. Vovk, T. Buslik, M. Ilchenko, V. Balatsky

Анотація


Визначено генетичну структуру порід свиней велика біла, полтавська м’ясна, велика чорна і миргородська за геном катепсину F (CTSF g.22 G>C SNP), встановлено основні популяційні параметри. В усіх породах генетичний маркер характеризувався поліморфізмом при переважанні за частотою алеля g.22C. Рівень інформативності CTSF g.22 G>C SNP виявлено на оптимальному для асоціативного аналізу рівні (PIC= 0,358-0,375), що дозволяє здійснювати в досліджених субпопуляціях порід пошук зв’язків маркера з ознаками продуктивності свиней. В субпопуляції свиней великої білої породи української селекції проведено аналіз зв’язку генетичного маркера CTSF g.22 G>C SNP з показниками продуктивності тварин: віком досягнення живої маси 100 кг, товщиною шпику на рівні 6-го - 7-го ребра, 10-го ребра, в області крижів і середньодобовим приростом  маси та селекційним індексом. Встановлено тенденцію до асоціації зазначеного генетичного маркера  з віком досягнення тваринами живої маси 100 кг (p=0,07).


Ключові слова


свині, породи, SNP, генетична структура, ген катепсину F

Повний текст:

PDF

Посилання


Williams, J. L. (2005). The use of marker-assisted selection in animal breeding and biotechnology. Rev Sci Tech., 24, 379-91. https://doi.org/10.20506/rst.24.1.1571

Cui, Y., Zhang, F., Xu, J., Li, Z., Xu, S. (2015). Mapping quantitative trait loci in selected breeding populations: A segregation distortion approach. Heredity (Edinb), 115(6), 538-546. https://doi.org/10.1038/hdy.2015.56

NCBI. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/100520004.

Russo, V., Fontanesi, L., Davoli, R., Galli, S. (2004). Linkage mapping of the porcine cathepsin F (CTSF) gene close to the QTL regions For meat and Fat deposition traits on pig chromosome 2. Anim. Genet., 35, 155-157. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2004.01105.x

Russo, V., Davoli, R., Nanni, C. L., Fontanesi, L., Baiocco, C., Buttazzoni, L., Galli, S., Virgili, R. (1998). Association of the CTSB, CTSF and CSTB genes with growth, carcass and meat quality traits in heavy pigs. Italian journal of animal Science, 2, 67-69.

NCBI RS database. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.

Hao, L. L., Yu, H., Zhang, Y., Sun, S. C., Liu, Y. Z. (2011). Zeng Single nucleotide polymorphism analysis of exons 3 and 4 of IGF-1 gene in pigs. Genet. Mol. Res., 10, 1689-95. https://doi.org/10.4238/vol10-3gmr1328

Balatsky, V. N., Pochernyaev, K. F., Buslyk, T. V., Dykan, O. S., Korinnyi, S. N., Pena, R., Doran, O. (2015). Sequence variation in the cathepsin B (CTSB), L (CTSL), S (CTSS) and K (CTSK) genes in Ukrainian pig breeds. Global J. Anim. Breed. Genet., 3 (3), 117−124.

Nonneman, D. J., Brown-Brandl, T., Jones, Sh. A., Wiedmann, R. T, Rohrer, G. A. (2012). A defect in dystrophin causes a novel porcine stress syndrome. BMC Genomics, 13, 233-238. https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-233

Peakall, R., Smouse, P. E. (2006). GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes, 6, 288-295. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x

PIC calculator. Available at: http://www.liv.ac.uk/~kempsj/pic.html.


Метрики статей

Завантаження метрик ...

Metrics powered by PLOS ALM

Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.


Bookmark and Share