Генетичний та асоціативний аналіз однонуклеотидного поліморфізма g.22 G>C в гені катепсину F свиней різних порід

Автор(и)

  • Y. Oliinychenko Інститут свинарства і агропромислового виробництва НААН
  • V. Vovk Інститут свинарства і агропромислового виробництва НААН
  • T. Buslik Інститут свинарства і агропромислового виробництва НААН
  • M. Ilchenko Інститут свинарства і агропромислового виробництва НААН
  • V. Balatsky Інститут свинарства і агропромислового виробництва НААН

DOI:

https://doi.org/10.31548/animal2019.01.021

Ключові слова:

свині, породи, SNP, генетична структура, ген катепсину F

Анотація

Визначено генетичну структуру порід свиней велика біла, полтавська м’ясна, велика чорна і миргородська за геном катепсину F (CTSF g.22 G>C SNP), встановлено основні популяційні параметри. В усіх породах генетичний маркер характеризувався поліморфізмом при переважанні за частотою алеля g.22C. Рівень інформативності CTSF g.22 G>C SNP виявлено на оптимальному для асоціативного аналізу рівні (PIC= 0,358-0,375), що дозволяє здійснювати в досліджених субпопуляціях порід пошук зв’язків маркера з ознаками продуктивності свиней. В субпопуляції свиней великої білої породи української селекції проведено аналіз зв’язку генетичного маркера CTSF g.22 G>C SNP з показниками продуктивності тварин: віком досягнення живої маси 100 кг, товщиною шпику на рівні 6-го - 7-го ребра, 10-го ребра, в області крижів і середньодобовим приростом  маси та селекційним індексом. Встановлено тенденцію до асоціації зазначеного генетичного маркера  з віком досягнення тваринами живої маси 100 кг (p=0,07).

Біографія автора

Y. Oliinychenko, Інститут свинарства і агропромислового виробництва НААН

аспірант

Посилання

Williams, J. L. (2005). The use of marker-assisted selection in animal breeding and biotechnology. Rev Sci Tech., 24, 379-91. https://doi.org/10.20506/rst.24.1.1571

Cui, Y., Zhang, F., Xu, J., Li, Z., Xu, S. (2015). Mapping quantitative trait loci in selected breeding populations: A segregation distortion approach. Heredity (Edinb), 115(6), 538-546. https://doi.org/10.1038/hdy.2015.56

NCBI. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/100520004.

Russo, V., Fontanesi, L., Davoli, R., Galli, S. (2004). Linkage mapping of the porcine cathepsin F (CTSF) gene close to the QTL regions For meat and Fat deposition traits on pig chromosome 2. Anim. Genet., 35, 155-157. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2004.01105.x

Russo, V., Davoli, R., Nanni, C. L., Fontanesi, L., Baiocco, C., Buttazzoni, L., Galli, S., Virgili, R. (1998). Association of the CTSB, CTSF and CSTB genes with growth, carcass and meat quality traits in heavy pigs. Italian journal of animal Science, 2, 67-69.

NCBI RS database. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.

Hao, L. L., Yu, H., Zhang, Y., Sun, S. C., Liu, Y. Z. (2011). Zeng Single nucleotide polymorphism analysis of exons 3 and 4 of IGF-1 gene in pigs. Genet. Mol. Res., 10, 1689-95. https://doi.org/10.4238/vol10-3gmr1328

Balatsky, V. N., Pochernyaev, K. F., Buslyk, T. V., Dykan, O. S., Korinnyi, S. N., Pena, R., Doran, O. (2015). Sequence variation in the cathepsin B (CTSB), L (CTSL), S (CTSS) and K (CTSK) genes in Ukrainian pig breeds. Global J. Anim. Breed. Genet., 3 (3), 117−124.

Nonneman, D. J., Brown-Brandl, T., Jones, Sh. A., Wiedmann, R. T, Rohrer, G. A. (2012). A defect in dystrophin causes a novel porcine stress syndrome. BMC Genomics, 13, 233-238. https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-233

Peakall, R., Smouse, P. E. (2006). GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes, 6, 288-295. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x

PIC calculator. Available at: http://www.liv.ac.uk/~kempsj/pic.html.

##submission.downloads##

##submission.additionalFiles##

Опубліковано

2019-08-08

Номер

Том 10 № 1 (2019): ANIMAL SCIENCE AND FOOD TECHNOLOGY

Розділ

Статті

Ліцензія

Стосунки між правовласниками і користувачами регулюються на умовах ліцензії Creative Commons Із Зазначенням Авторства – Некомерційна – Поширення На Тих Самих Умовах 4.0 Міжнародна (CC BY-NC-SA 4.0):https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/deed.uk

Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:

  • Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
  • Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
  • Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див.The Effect of Open Access).