Підходи до in silico аналізу метрик різноманіття мікробіому забруднених радіонуклідами ґрунтів

Автор(и)

  • O. Yu. Parenyuk Національний університет біоресурсів і природокористування України image/svg+xml
  • I. O. Simutin Київський національний університет імені Тараса Шевченка image/svg+xml
  • D. O. Samofalova Institute of Food Biotechnology and Genomics NAS of Ukraine , ДУ «Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України»
  • Yu. V. Ruban Національний університет біоресурсів і природокористування України image/svg+xml
  • V. V. Illienko Національний університет біоресурсів і природокористування України image/svg+xml
  • N. H. Nesterova Національний університет біоресурсів і природокористування України image/svg+xml
  • I. M. Gudkov Національний університет біоресурсів і природокористування України image/svg+xml

DOI:

https://doi.org/10.31548/bio2017.05.002

Анотація

Проаналізовано біоінформатичні підходи до обробки результатів секвенування
тотальної ДНК ґрунтових мікроорганізмів. Підібрано методику, що забезпечує найвищу якість і достовірність вихідних даних.

Ключові слова: мікробіом ґрунту, радіонуклідне забруднення, біоінформатичні методи

Посилання

Asnicar, F., Weingart, G., Tickle, T. L., Huttenhower, C., & Segata, N. (2015). Compact graphical representation of phylogenetic data and metadata with GraPhlAn. PeerJ, 3, e1029. http://doi.org/10.7717/peerj.1029

Blaxter, M., Mann, J., Chapman, T., Thomas, F., Whitton, C., Floyd, R., & Abebe, E. (2005). Defining operational taxonomic units using DNA barcode data. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 360(1462), 1935–1943. http://doi.org/10.1098/rstb.2005.1725

Ewing, B., & Green, P. (1998). Base-calling of automated sequencer traces using phred. II. Error probabilities. Genome Research, 8(3), 186–94. Retrieved from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9521922

Gołębiewski, M., Deja-Sikora, E., Cichosz, M., Tretyn, A., & Wróbel, B. (2014). 16S rDNA pyrosequencing analysis of bacterial community in heavy metals polluted soils. Microbial Ecology, 67(3), 635–47. http://doi.org/10.1007/s00248-013-0344-7

Kuczynski, J., Stombaugh, J., Walters, W. A., González, A., Caporaso, J. G., & Knight, R. (2011). Using QIIME to analyze 16S rRNA gene sequences from microbial communities. Current Protocols in Bioinformatics / Editoral Board, Andreas D. Baxevanis ... [et Al.], Chapter 10, Unit 1E.5. http://doi.org/10.1002/9780471729259.mc01e05s27

Langille, M. G. I., Zaneveld, J., Caporaso, J. G., McDonald, D., Knights, D., Reyes, J. A., … Huttenhower, C. (2013). Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences. Nature Biotechnology, 31(9), 814–821. http://doi.org/10.1038/nbt.2676

Luo, C., Rodriguez-R, L. M., Johnston, E. R., Wu, L., Cheng, L., Xue, K., … Konstantinidis, K. T. (2014). Soil microbial community responses to a decade of warming as revealed by comparative metagenomics.1. Luo C. Soil microbial community responses to a decade of warming as revealed by comparative metagenomics. / C. Luo, L. M. Rodriguez-R, E. R. Johnston[et a. Applied and Environmental Microbiology, 80(5), 1777–86. http://doi.org/10.1128/AEM.03712-13

McMurdie, P. J., Holmes, S., Kindt, R., Legendre, P., & O’Hara, R. (2013). phyloseq: An R Package for Reproducible Interactive Analysis and Graphics of Microbiome Census Data. PLoS ONE, 8(4), e61217. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0061217

Pareniuk, O., Shavanova, K., Laceby, J. P., Illienko, V., Tytova, L., Levchuk, S., … Nanba, K. (2015). Modification of 137Cs transfer to rape (Brassica napus L.) phytomass under the influence of soil microorganisms. Journal of Environmental Radioactivity, 149, 73–80. http://doi.org/10.1016/j.jenvrad.2015.07.003

Puente-Sánchez, F., Aguirre, J., & Parro, V. (2016). A novel conceptual approach to read-filtering in high-throughput amplicon sequencing studies. Nucleic Acids Research, 44(4), e40. http://doi.org/10.1093/nar/gkv1113

Schmieder, R., & Edwards, R. (2011). Quality control and preprocessing of metagenomic datasets. Bioinformatics, 27(6), 863–864. http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr026

Schneider, T., Keiblinger, K. M., Schmid, E., Sterflinger-Gleixner, K., Ellersdorfer, G., Roschitzki, B., … Riedel, K. (2012). Who is who in litter decomposition? Metaproteomics reveals major microbial players and their biogeochemical functions. The ISME Journal, 6(9), 1749–62. http://doi.org/10.1038/ismej.2012.11

Thomas, T., Gilbert, J., & Meyer, F. (2012). Metagenomics - a guide from sampling to data analysis. Microbial Informatics and Experimentation, 2(1), 3. http://doi.org/10.1186/2042-5783-2-3

Завантаження

Опубліковано

2018-02-22

Номер

Том 9 № 5-6 (2017)

Розділ

Біологія

Ліцензія

Стосунки між правовласниками і користувачами регулюються на умовах ліцензії Creative Commons Із Зазначенням Авторства – Некомерційна – Поширення На Тих Самих Умовах 4.0 Міжнародна (CC BY-NC-SA 4.0):https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/deed.uk

Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:

  • Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
  • Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
  • Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див.The Effect of Open Access).