Внутрішньолабораторна апробація праймерів для молекулярно-генетичної ідентифікації грибів роду Fusarium link
DOI:
https://doi.org/10.31548/dopovidi2019.06.017Ключові слова:
молекулярні-генетичні методи досліджень, полімеразна ланцюгова реакція, фузаріїАнотація
Наведено результати внутрішньолабораторної апробації методики молекулярно-генетичної ідентифікації грибів роду Fusarium методом ПЛР. Дослідження проводились методом полімеразної ланцюгової реакції з детекцією продуктів ампліфікації в агарозному гелі. Для визначення специфічності методики використовували різні штами грибів роду Fusarium, Alternaria Nees, Aspergillus P. Micheli ex Haller, Cladosporium Link, Drechslera S. Ito, Mucor Fresen., Rhizopus Ehrenb., Trichoderma Pers.
Екстракцію ДНК проводили гуанідін-тіоціонатним методом із сорбцією на кремнію оксиді описаним R. Boom із співавторами. Для досліджень використовували праймери, які фланкують ділянку ITS регіону рибосомальної ДНК Fusarium spp розміром 431 н.п. Після ампліфікації в термоциклері 2720 (Applied Biosystems) із відповідним температурним режимом її продукти аналізували шляхом розділення в 1,5 % агарозному гелі.
При дослідженні специфічності методики усі види грибів роду Fusarium ідентифікувалися як позитивні за допомогою запропонованих праймерів. Перехресних реакцій із мікроміцетами інших видів не відмічали. Чутливість ПЛР-аналізу на основі запропонованих праймерів становить 0,12 нг/мкл. Результати виявлення грибів роду Fusarium безпосередньо із зерна кукурудзи та продуктів його переробки свідчать, що більшість посівів кукурудзи на полях уражена мікроміцетами даного роду.
Результати внутрішньолабораторної оцінки праймерів для ідентифікації Fusarium spp з дослідженням таких параметрів як специфічність та чутливість свідчать, що апробована методика дає можливість досить швидко і надійно проводити виявлення грибів роду Fusarium у зерновій продукції, а також може бути використана для підтвердження сумнівних результатів мікологічного аналізу.
Посилання
Bluhm B.H., Flaherty J.E., Cousin M.A., Woloshuk C.P. (2002). Multiplex Polimerase Chain Reaction Assay for Assay for the Differential Detection of Trichothecene- and Fumonisin-Producing Species of Fusarium in Cornmeal. Journal of Food Protection, 65, 1955-61.
https://doi.org/10.4315/0362-028X-65.12.1955
Moretti A., Logrieco A.F., Susca A. (2017). Mycotoxins: An Underhand Food Problem. Methods Mol Biol, 1542, 3-12.
https://doi.org/10.1007/978-1-4939-6707-0_1
Munkvold G.P. (2017). Fusarium Species and Their Associated Mycotoxins. Methods Mol Biol, 1542, 51-106.
https://doi.org/10.1007/978-1-4939-6707-0_4
Rahman H.U., Yue X., Yu Q., Xie H., Zhang W., Zhang Q., Li P. (2019). Specific antigen-based and emerging detection technologies of mycotoxins. J Sci Food Agric, Mar (13).
https://doi.org/10.1002/jsfa.9686
Boom R., Sol C., Salimans M., Jansen C.L., Wertheim-van Dillen P.M., van der Noordaa J. (1990). Rapid and Simple Method for Purification of Nucleic Acids Journal of clinical microbiology, 28(3), 495-503.
https://doi.org/10.1128/JCM.28.3.495-503.1990
Sohrabi N., Taghizadeh M. (2018). Molecular identification of aflatoxigenic Aspergillus species in feedstuff samples. Curr Med Mycol, Jun, 4(2), 1-6.
https://doi.org/10.18502/cmm.4.2.66
Thomas B., Contet Audonneau N., Machouart M., Debourgogne A. (2019). Molecular identification of Fusarium species complexes: Which gene and which database to choose in clinical practice? J Mycol Med, Apr, 29(1), 56-58.
https://doi.org/10.1016/j.mycmed.2019.01.003
Jangol Ju.A. (2018). Vyznachennia toksychnosti ta toksynoutvorennia mikroskopichnykh hrybiv v kormakh [Determination of toxicity and toxin production of microscopic fungi in feed]. Veterinary biotechnology, 33, 130-135. [in Ukrainian].
Завантаження
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Стосунки між правовласниками і користувачами регулюються на умовах ліцензії Creative Commons Із Зазначенням Авторства – Некомерційна – Поширення На Тих Самих Умовах 4.0 Міжнародна (CC BY-NC-SA 4.0):https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/deed.uk
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див.The Effect of Open Access).
