Алельний поліморфізм мікросателітних локусів ДНК яєчних курей
DOI:
https://doi.org/10.31548/poultry2020.09-10.022Ключові слова:
кури, крос, мікросателіти, поліморфізм, ДНК, унікальні алеліАнотація
Проаналізовано алельний поліморфізм п’яти промислових кросів курей яєчного напряму продуктивності за п’ятьма мікросателітними локусами ДНК (ADL0268, MCW216, LEI0094, ADL0278 та MCW248), які було відібрано відповідно до рекомендацій Міжнародного товариства генетики тварин (ISAG). За результатами математико-статистичної обробки та аналізу одержаних даних визначено спектри та частоти алельної мінливості, особливості алелофондів, виявлено унікальні алелі. Загалом по виду Gallus gallus має місце специфічний характер алельних спектрів за всіма дослідженими мікросателлітними локусами ДНК (Р<0,001). Найвищі показники алельної мінливості було зафіксовано в коричневих кросах "Ломанн коричневий" та "Хайсекс коричневий" (відповідно Na (LimNa)=(9,2 (5-17) та 7,4 (6-11). Досліджені кроси характеризувались зсуненням алельних спектрів у бік зменшення довжин фрагментів. "Ломанн білий" вирізняється серед птиці інших кросів високою консолідованістю за окремими алелями по всіх досліджених мікросателітах (від ADL278114 – 0,343 та ADL268108 – 0,485 до LEI094259 – 0,720, MCW0248213 – 0,785 та MCW0216137 – 0,920). Унікальні алелі з найбільшою частотою виявлялись у курей коричневих кросів, а у птиці кросу "Хай-Лайн W-98" були відсутні. Кількість виявлених унікальних алелів коливалась від 1 ("Хайсекс білий") до 11 ("Ломанн коричневий"). Найполіморфнішим за кількістю унікальних алелів виявився локус LEI094 – за ним буловиявлено 10 таких алельних варіантів. За локусом ADL0268 унікальні алелі були відсутні. Отримані оцінки критерію хі-квадрат (χ2) К. Пірсона свідчать про достовірні відмінності за розподілом алелів за частотами по всіх досліджених локусах. За використання програмного забезпечення MICROSATELLITE ANALYSER встановлено, що характер мінливості досліджених мікросателітних локусів ДНК у п’яти промислових кросів курей яєчного напряму продуктивності, як відносно кількості виявлених алелів, так і характеру їх розподілу, відповідав покроковій мутаційній моделі (SMM).
Посилання
Agatep, R. C., Lambio, A. L., Vega, R. S. A., Capitan, S. S., Mendioro, M. S. & Yebron, M. G. N. (2016). Microsatellite-based genetic diversity and relationship analyses of three genetic groups of domesticated Mallard ducks (Anas Platyrhynchos Domesticus L). Philipp J Vet Anim Sci., 42 (2), 102-111. [in English].
Borodai, V.P., Ponomarenko, N.P., Melnyk, V.V., Shelov, A.V. & Spyrydonov, V.H. & Melnychuk, S.D. (2012). Informatsiina baza danykh (kataloh) pokaznykiv henetychnoi struktury populiatsii kurei spetsializovanykh yaiechnykh krosiv, yaki vykorystovuiut v Ukraini [Information database (catalog) of indicators of genetic structure of populations of chickens of specialized egg crosses used in Ukraine]. K.: TOV "Ahrar Media Hrup", 20. [in Ukrainian].
Borodai, V.P., Ponomarenko, N.P., Melnyk,V.V., Shelov, A.V., Spyrydonov, V.H. & Melnychuk, S.D. (2012). Rekomendatsii shchodo provedennia henetychnoi otsinky populiatsii kurei spetsializovanykh yaiechnykh krosiv iz zastosuvanniam DNK-markeriv [Recommendations for genetic assessment of populations of chickens specialized egg crosses using DNA markers]. Kyiv.: TOV "Ahrar Media Hrup", 41. [in Ukrainian].
Chen, G., Bao, W., Shu, J., Ji, C., Wang, M. &Eding H. (2008). Assessment of population structure and genetic diversity of 15 Chinese indigenous chicken breeds using microsatellite markers. Asian-Aust J AnimSci., 21 (3), 331-339.
https://doi.org/10.5713/ajas.2008.70125.
Duran, C., Appleby, N., Edwards, D., & Batley J. (2009). Molecular genetic markers: discovery, applications, data storage and visualization. Current bioinformatics, 4, 16-27. [in English].
https://doi.org/10.2174/157489309787158198.
Ewens, W. J. (1972). The sampling theory of selectively neutral alleles. Theoretical Population Biology, 3, 87-112. [in English].
https://doi.org/10.1016/0040-5809(72)90035-4.
Gholizadeh, M., Mianji. G. R. (2007). Use of microsatellite markers in poultry research. International Journal of Poultry Science, 6 (2), 145-153.
https://doi.org/10.3923/ijps.2007.145.153.
Hammer, O., Harper, D. A. T. & Ryan, P. D. (2001). PAST: Paleontological statistics software package for education and data. Palaeontologia Electronica, 4. 1-9. [in English].
Hariyono, D.N.H., Maharani, D., Cho, S., Manjula, P., Seo, D., Choi, N., Sidadolog, J.H.P. & Lee, J. H. (2019). Genetic diversity and phylogenetic relationship analyzed by microsatellite markers in eight Indonesian local duck populations. Asian-Australas J Anim Sci., 32, 31-37. [in English]. https://doi.org/10.5713/ajas.18.0055.
Kimura, M., Ohta, T. (1975). Distribution of allelic frequencies in a finite population under stepwise production of neutral alleles. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, 72, 2761-2764. [in English]. https://doi.org/10.1073/pnas.72.7.2761.
Loywyck, V., Bed'hom, B., Pinard-van der Laan, M.H., Pitel, F., Verrier, E. & Bijma, P. (2008). Evolution of the polymorphism at molecular markers in QTL and non-QTL regions in selected chicken lines. Genet. Sel. Evol., 40, 639-661. [in English].
https://doi.org/10.1051/gse:2008025.
Maharani, D., Hariyono, D.N.H., Cho, S., Manjula, P., Seo, D., Choi, N., Sidadolog, J.H.P. & Lee, J.H. (2017). Genetic diversity among Indonesian local duck populations in Java Island assessed by microsatellite markers. Journal of Animal Breeding and Genomics, 1 (2), 136-142. [in English]. https://doi.org/10.12972/jabng.20170013.
Novgorodova, I.P., Gladyr', E.A., Fisinin, V.I., & Zinov'eva N.A. (2015). Identifikacija porodnoj prinadlezhnosti kur na osnove mikrosatellitnogo analiza [Identification of the breed of chickens based on microsatellite analysis]. Dostizhenija nauki i tehniki APK [Achievements of science and technology of the agroindustrial complex], 29 (11), 88-90. [in Russian].
Novgorodova, I.P., Zinov'eva, N.A., Gladyr', E.A. & Fisinin, V.I. (2016). Analiz geneticheskogo raznoobrazija dekorativnyh porod kur na osnove mikrosatellitnyh markerov [Analysis of the genetic diversity of ornamental chicken breeds based on microsatellite markers]. Dostizhenija nauki i tehniki APK [Achievements of science and technology of the agro-industrial complex], 30 (1), 69-71. [in Russian].
Ohta, T., Kimura, M. (1973). A model of mutation appropriate to estimate the number of electrophoretically detectable alleles in a finite population. Genetical Research., 22, 201-204. [in English].
https://doi.org/10.1017/S0016672300012994.
Peakall, R., Smouse, P.E. (2012). GenAIEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research - an update. Bioinformatics, 28, 2537-2539. [in English].
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts460.
Romanov, M.N., Weigend, S. (2001). Analysis of genetic relationships between various populations of domestic and Jungle fowl using microsatellite markers. Poult Sci., 80, 1057-1063. [in English]. https://doi.org/10.1093/ps/80.8.1057.
Sung Soo Choi, Joo Hee Seo, Jung-Min Han, Jiyeon Seong, Jun Heon Lee & Hong Sik Kong (2019). The Development of Multiplex PCR Microsatellite Marker Sets for Korean Chicken Breeds. International Journal of Poultry Science, 18: 492-498. doi: 10.3923/ijps.2019.492.498. [in English].
https://doi.org/10.3923/ijps.2019.492.498.
Wakchaure, R., Ganguly, S., Para, P.A., Praveen, P. K. & Qadri, K. (2015). Molecular Markers and their Applications in Farm Animals: A Review. International Journal of Recent Biotechnology, 3 (3), 23-29. [in English].
Wardecka, B., Olszewski, R., Jaszczak, K., Zieba, G., Pierzchala. M. & Wicinska K. (2002). Relationship between microsatellite marker alleles on chromosomes 1-5 originating аrom the Rhode Island Red and Green-legged Partrigenous breeds and egg production and quality traits in F2 mapping population. J. Appl. Genet., 43 (3), 319-329. [in English].
Завантаження
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Стосунки між правовласниками і користувачами регулюються на умовах ліцензії Creative Commons Із Зазначенням Авторства – Некомерційна – Поширення На Тих Самих Умовах 4.0 Міжнародна (CC BY-NC-SA 4.0):https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/deed.uk
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див.The Effect of Open Access).
