ОЦІНКА ФІЛОГЕНЕТИЧНИХ ЗВ’ЯЗКІВ У ТВАРИННИЦТВІ
Abstract
Проаналізовано та узагальнено методи визначення філогенетичної дистанції між популяціями у тваринництві. Встановлено, що окремі маркерні системи є більш придатними для визначення генетичної відстані між породами й пошуку філогенетичних зв’язків. Зроблено висновок, що використання окремих маркерів також дозволить розширити та накопичувати інформацію про генетичну варіацію в тваринництві.
References
Бардуков Н. В. Профили ДНК-маркеров (ISSR-PCR) у лошадей рысистых пород / Н. В. Бардуков, Г. К. Коновалова, В. ?. Глазко // ?зв. ТСХА. – 2010. – № 6. – С. 152–157.
Воронкова В. Н. Сравнительный анализ информативности ISSR-маркеров для оценки генетического разнообразия пород лошадей / В. Н. Воронкова, Цэндсурэн Цэдэв, Г. Е. Сулимова // Генетика. – 2011. – Т. 47. – № 8. – С. 1131 – 1134.
Глазко В. ?. Введение в ДНК-технологии и биоинформатику / В. ?. Глазко, Г. В. Глазко ; под ред. Т. Т. Глазко. – К., 2001. – 544 c.
Дубін О. В. Генетична диференціація геномів за маркерами ISSR-PCR та RAPD-PCR : дис. … канд. с.-г. наук : 03.00.15 / Дубін Олексій Вікторович. – Чубинське, 2009. – 154 с.
Метлицька О. І. Методологія ДНК-паспортизації генофондів сільськогосподарських тварин за гіперваріабельними локусами геному : дис. … д-ра с.-г. наук : 03.00.15 / Метлицька Олена Іванівна. – Полтава, 2012. – 382 с.
Применение межмикросателлитного анализа ДНК для оценки популяционной структуры, идентификации и сходства генофондов пород и видов доместицированных животных / Ю. А. Столповский, О. Е. Лазебный, К. Ю. Столповский [и др.] // Генетика. – 2010. – Т.46, № 6. – С. 825–833.
Сидоренко О.В. Поліморфізм генів рецепторів естрогену (ESR) і меланокортину-4 (MC4R) у свиней : дис. … канд. с.-г. наук : 03.00.15 / Сидоренко Олена Василівна. – Чубинське, 2011. – 125 с.
Феофилов А. В. Дифференциация генофондов алтайских рысистых пород лошадей по ISSR-PCR маркерам / А. В. Феофилов, Н. В. Бардуков, В. ?. Глазко // Генетика. – 2011. – Т. 47, № 9. – С. 1230–1235.
Шостак Л. В. Генетичний поліморфізм російського осетра (Acipencer gueidenstaedtii): автореф. дис. на здобуття наук. ступеня канд. с.-г. наук / Л. В. Шостак. – Чубинське, 2012. – 22 с.
Arranz J. J. Genetic relationships among Spanish sheep using microsatellites / J. J. Arranz, N. Y. Bayo, F. Sanprimitivo // Anim. Genet. – 1998. – V. 29. – P. 435–440.
Azari M. Intermisrosatellite PCR Implication for Genetic Diversity Study of 12 Cattle and Yak Breeds. / M. Azari, O.E. Lazebnyi, G.E. Sulimova, // Otkrytoe Obrazovanie. – 2006. – V. 3. – P. 50–52.
Baumung R. Genetic diversity studies in farm animals – a survey / R. Baumung, H. Simianer, I. Hoffmann // Journal of Animal Breeding and Genetics. – 2004. – V. 121. – P. 361–373.
Beja-Pereira A. The origin of European cattle: Evidence
from modern and ancient DNA / A. Beja-Pereira, D. Caramelli, C. Lalueza-Fox, C. Vernesi, N. Ferrand, A. Casoli, F. Goyache, L.J. Royo, S. Conti, M. Lari, A. Martini, L. Ouragh, A. Magid, A. Atash, A. Zsolnai, P. Boscato, C. Triantaphylidis, K. Ploumi, L. Sineo, F. Mallegni, P. Taberlet, G. Erhardt, L. Sampietro, J. Bertranpetit, G. Barbujani, G. Luikart, G. Bertorelle // Proceedings of the National Academy of Science USA. – 2006. – V. 103. – Р. 8113–8118.
Bjornstad G. Genetic structure of Norwegian horse breeds / G. Bjornstad, E.Gunby,K. H. Roed // J. Anim. Breed. Genet.– 2000. – V. 117. – P. 307–317.
Bornet B. Highly informative nature of inter simple sequence repeat (ISSR) sequences amplified using triand tetra-nucleotide primers from DNA of cauliflower (Brassica oleracea var. botrytis L.) / B. Bornet, C. Muller, F. Paulus, M. Branchard // Genome. – 2002. – V. 45. – P. 890–896.
Bowcock AM. High resolution of human evolutionary trees with polymorphic microsatellites / AM. Bowcock, A.Ruiz-Linares, J. Tomfohrde, E. Minch, JR Kidd, LL Cavalli-Sforza // Nature. – 1994. –V. 368. – P. 455–457.
Bowling A. T. Blood group and protein polymorphism gene frequencies for seven breeds of horses in the United States / A. T. Bowling, R. S. Clark, // Anim. Blood Grps. Biochem. Genet. – 1985. – V. 16. – P. 93–108.
Canon J. The genetic structure of Spanish Celtic horse breeds inferred from microsatellite data / J. Canon, M. L.Checa, S. C. Carleo, J. L. Vega-Pla, M. Vallejo, S. Dunner // Anim. Genet. – 2000. – V. 31. – P. 39–48.
Carter M.J. An inexpensive and simple method for DNA purifications on silica particles / M. J. Carter, I. D. Milton // Nucleic Acids Res. – 1993. – Vol. 21. – P. 1044–1046.
Cunningham E.P. Microsatellite diversity, pedigree relatedness and the contributions of founder lineages to thoroughbred horses / E. P. Cunningham, J. J. Dooley, R. K. Splan, D. G. Bradley, // Anim Genet. – 2001. – V. 32. P. 360–364.
Eding H. Assessing the contribution of breeds to the genetic diversity in conservation schemes / H. Eding, P.M.A.Crooijmans, M.A.M. Groenne, T.H.E Meuwissen. // Genetics Selection Evolution. – 2002. – V. 34. – P. 613–633.
Erhardt G. Use of moleculаr mаrkers for evаluаtion of genetic diversity in аnimаl production / G. Erhardt, C. Weimann // Arch. Latinoam. Prod. Anim. – Vol. 15 (Supl. 1).
Hiendleder S. Mapping of QTL for body conformation and behaviour in cattle / S. Hiendleder, H. Thomsen, N. Reinsch, J. Bennewitz, B. Leyhe-Horn, C. Looft, N. Xu, I. Medjugorac, I. Russ, C. Kuhn, G.A. Brockmann, J. Blumel, B. Brenig, F. Reinhardt, R. Reents, G. Averdunk, M. Schwerin, M. Forster, E. Kalm, G. Erhardt// Journal of Heredity. – 2003. – V. 94. – P. 496–506.
Ishida N. Mitochondrial DNA sequences of various species of the genus Equuswith special reference to the phylogenetic relationship between Przewalskii’s wild horse and domestic horse / N. Ishida, T. Oyunsuren, S. Mashima, H. Mukoyama, N. Saitou // J Mol Evol. – 1995. – V. 41. – P. 180–188.
Iwanczyk E. Genetic Structure and Phylogenetic Relationships of the Polish Heavy Horse / E. Iwanczyk, R. Juras, G. Cholewinski, E. Gus Cohran // J. Appl. Genet. –2006. – Vol. 47, 4. – P. 353–359.
Jann O. C. Geographic distribution of haplotypes diversity at the bovine casein locus/ O. C. Jann, E.M. Ibeagha-Awemu, C. Ozbeyaz, P. Zaragoza, J. L. Williams, P. Ajmone-Marsan, J. A. Lenstra, K. Moazami-Goudarzi, G. Erhardt // Genetic Selection and Evolution. – 2004. – V. 36. – P. 243–257.
Kavar T. Domestication of the horse: Genetic relationships between domestic and wild horses / T. Kavar, P. Dovc // Livest Sci. – 2008. – V. 116 (1–3). – P. 1–14.
Khanshour Anas M. Maternal phylogenetic relationships and genetic variation among Arabian horse populations using whole mitochondrial DNA D-loop sequencing BMC / Anas M. Khanshour, Ernest Gus, Cothran Khanshour // Genetics. – 2013. –V.14 . – P. 83.
Kim KI. Phylogenetic relationships of Cheju horses to other horse breeds as determined by mtDNA D-loop sequence polymorphism / KI. Kim, YH. Yang, SS. Lee, C. Park, R. Ma, JL. Bouzat, HA. Lewin // Anim Genet. – 1999. – V. 30 (2) . – P.102–108.
Kol, N. V. Polymorphism of ISSR–PCR Markers in Tuvinian Population of Reindeer Rangifer tarandus / N. V. Kol, O. E. Lazebnyi// Russ. J. Genet. – 2006. –Vol. 42, 12. – P. 1464–1466.
Kuhn, C. Quantitative trait loci mapping of functional traits in the German Holstein cattle population/ C. Kuhn, J. Bennewitz, N. Reinsch, N. Xu, H. Thomsen, C. Looft, C. A. Brockmann, M. Schwerin, C. Weimann, S. Hiendleder, G. Erhardt,G., I. Medjugorac, M. Forster, B. Brenig, F. Reinhardt, R. Reents, I. Russ, G. Averdunk, J. Blumel, E. Kalm // Journal of Dairy Science. – 2003. – V. 86. – P. 360–368.
Negrini R. Differentiation of European Cattle by AFLP fingerprinting / R. Negrini, I. J. Nijmann, E. Milanesi, K. Moazami Goudarzi, J. J. Williams, G. Erhardt, S. Dunner, C. Rodellar, A. Valentini, D.G. Bradley, I. Olsaker, J. Kantanen, P. Ajmone-Marsan, J. A. Lenstra, the European Cattle Genetic Diversity consortium // Animal Genetics. – 2007. – V. 38. – P. 60–66.
Nei M. Mathematical model for studying genetic variation in terms restriction endonucleases / M. Nei, W.-H. Li // Proceedings the National Academy Sciences. USA. – 1979. – V. 76. – P. 5269–5273.
Nozawa K. Phylogenetic relationships among Japanese native and alien horses estimated by protein polymorphisms / K. Nozawa, T. Shotake, S. Ito, Y. Kawamoto // J. Equine Sci. – 1998. – V. 9. – P. 53–69.
Peacall R. GENALEX 6: genetic analisys in Excel Population genetic software and research / R. Peacall, P. E Smouse // Molecula Ecology Notes. – 2006. – V. 6. – P. 288–295.
Peter, C. Genetic diversity and subdivision of 57 European and Middle-Eastern sheep breeds / C. Peter, M. Bruford, T. Perez, S. Dalamitra, G. Hewitt, G. Erhardt // Animal Genetics. –2007. – V. 38. – P. 37–44.
Raina, S. N. RAPD and ISSR Fingerprints for Analysis of Genetic Diversity, Varietal Identification, and Phylogenetic Relationships in Peanut (Arachis hypogaea) Cultivars and Wild Species/ S. N. Raina, V. Rani, T. Kojima // Genome. – 2001. – Vol. 44, 5. – P. 763–772.
Taberlet P. Are cattle, sheep, and goats endangered species? / P. Taberlet, A. Valentini, H. R. Rezaei, S. Naderi, F. Pompanon, R. Negrini, P. Ajmone-Marsan // Molecular Ecology, in press. – 2007.
Takezaki N. Genetic distances and reconstruction of phylogenetic trees from microsatellite DNA / N. Takezaki, M. Nei // Genetics. – 1996. – V.144. – P. 389–399.
Tozaki N. Mukoyama Microsatellite Variation in Japanese and Asian Horses and Their Phylogenetic Relationship Using a European Horse Outgroup / N. Tozaki, T. Takezaki, N.Hasegawa, M. Ishida, M. Kurosawa, N. Tomita, H. Saitou // Journal of Heredity. – 2003. – V. 94 (5). – P. 374–380.
Van de Peer Y. TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing evolutionary trees for the Microsoft Windows environment // Computer Application in the Biosciences. 1994. – V. 10, № 5. – P. 569–570.
Vila C. Widespread origins of domestic horse lineages / C. Vila, JA. Leonard, A. Gotherstrom, S. Marklund, K. Sandberg, K. Liden, RK. Wayne, H. Ellegren // Science. – 2001. – V. 291. – P. 474–477.
Weitzman M. L. What to preserve? An application of diversity theory to crane conservation // The Quarterly Journal of Economics. – 1993. – V. 108. – P. 157–183.
Zietkiewicz E. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification / E. Zietkiewic, A. Rafalski, D. Labuda // Genomics. – 1994. – V. 20.– P. 176–183.
Downloads
Issue
Section
License
Relationship between right holders and users shall be governed by the terms of the license Creative Commons Attribution – non-commercial – Distribution On Same Conditions 4.0 international (CC BY-NC-SA 4.0):https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/deed.uk
Authors who publish with this journal agree to the following terms:
- Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.
- Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.
- Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).