ОЦІНКА ФІЛОГЕНЕТИЧНИХ ЗВ’ЯЗКІВ У ТВАРИННИЦТВІ

Authors

  • І. О. Супрун National University of Life and Environmental Sciences of Ukraine image/svg+xml

Abstract

Проаналізовано та узагальнено методи визначення філогене­тичної дистанції між популяціями у тваринництві. Встановлено, що окремі маркерні системи є більш придатними для визначення гене­тич­ної відстані між породами й пошуку філогенетичних звязків. Зроблено висновок, що використання окремих маркерів також дозволить розширити та накопичувати інформацію про генетичну варіацію в тваринництві.

References

Бардуков Н. В. Профили ДНК-маркеров (ISSR-PCR) у лошадей рысистых пород / Н. В. Бардуков, Г. К. Коновалова, В. ?. Глазко // ?зв. ТСХА. – 2010. – № 6. – С. 152–157.

Воронкова В. Н. Сравнительный анализ информативности ISSR-маркеров для оценки генетического разнообразия пород лошадей / В. Н. Воронкова, Цэндсурэн Цэдэв, Г. Е. Сулимова // Генетика. – 2011. – Т. 47. – № 8. – С. 1131 – 1134.

Глазко В. ?. Введение в ДНК-технологии и биоинформатику / В. ?. Глазко, Г. В. Глазко ; под ред. Т. Т. Глазко. – К., 2001. – 544 c.

Дубін О. В. Генетична диференціація геномів за маркерами ISSR-PCR та RAPD-PCR : дис. … канд. с.-г. наук : 03.00.15 / Дубін Олексій Вікторович. – Чубинське, 2009. – 154 с.

Метлицька О. І. Методологія ДНК-паспортизації генофондів сільськогосподарських тварин за гіперваріабельними локусами геному : дис. … д-ра с.-г. наук : 03.00.15 / Метлицька Олена Іванівна. – Полтава, 2012. – 382 с.

Применение межмикросателлитного анализа ДНК для оценки популяционной структуры, идентификации и сходства генофондов пород и видов доместицированных животных / Ю. А. Столповский, О. Е. Лазебный, К. Ю. Столповский [и др.] // Генетика. – 2010. – Т.46, № 6. – С. 825–833.

Сидоренко О.В. Поліморфізм генів рецепторів естрогену (ESR) і меланокортину-4 (MC4R) у свиней : дис. … канд. с.-г. наук : 03.00.15 / Сидоренко Олена Василівна. – Чубинське, 2011. – 125 с.

Феофилов А. В. Дифференциация генофондов алтайских рысистых пород лошадей по ISSR-PCR маркерам / А. В. Феофилов, Н. В. Бардуков, В. ?. Глазко // Генетика. – 2011. – Т. 47, № 9. – С. 1230–1235.

Шостак Л. В. Генетичний поліморфізм російського осетра (Acipencer gueidenstaedtii): автореф. дис. на здобуття наук. ступеня канд. с.-г. наук / Л. В. Шостак. – Чубинське, 2012. – 22 с.

Arranz J. J. Genetic relationships among Spanish sheep using microsatellites / J. J. Arranz, N. Y. Bayo, F. Sanprimitivo // Anim. Genet. – 1998. – V. 29. – P. 435–440.

Azari M. Intermisrosatellite PCR Implication for Genetic Diversity Study of 12 Cattle and Yak Breeds. / M. Azari, O.E. Lazebnyi, G.E. Sulimova, // Otkrytoe Obrazovanie. – 2006. – V. 3. – P. 50–52.

Baumung R. Genetic diversity studies in farm animals – a survey / R. Baumung, H. Simianer, I. Hoffmann // Journal of Animal Breeding and Genetics. – 2004. – V. 121. – P. 361–373.

Beja-Pereira A. The origin of European cattle: Evidence

from modern and ancient DNA / A. Beja-Pereira, D. Caramelli, C. Lalueza-Fox, C. Vernesi, N. Ferrand, A. Casoli, F. Goyache, L.J. Royo, S. Conti, M. Lari, A. Martini, L. Ouragh, A. Magid, A. Atash, A. Zsolnai, P. Boscato, C. Triantaphylidis, K. Ploumi, L. Sineo, F. Mallegni, P. Taberlet, G. Erhardt, L. Sampietro, J. Bertranpetit, G. Barbujani, G. Luikart, G. Bertorelle // Proceedings of the National Academy of Science USA. – 2006. – V. 103. – Р. 8113–8118.

Bjornstad G. Genetic structure of Norwegian horse breeds / G. Bjornstad, E.Gunby,K. H. Roed // J. Anim. Breed. Genet.– 2000. – V. 117. – P. 307–317.

Bornet B. Highly informative nature of inter simple sequence repeat (ISSR) sequences amplified using triand tetra-nucleotide primers from DNA of cauliflower (Brassica oleracea var. botrytis L.) / B. Bornet, C. Muller, F. Paulus, M. Branchard // Genome. – 2002. – V. 45. – P. 890–896.

Bowcock AM. High resolution of human evolutionary trees with polymorphic microsatellites / AM. Bowcock, A.Ruiz-Linares, J. Tomfohrde, E. Minch, JR Kidd, LL Cavalli-Sforza // Nature. – 1994. –V. 368. – P. 455–457.

Bowling A. T. Blood group and protein polymorphism gene frequencies for seven breeds of horses in the United States / A. T. Bowling, R. S. Clark, // Anim. Blood Grps. Biochem. Genet. – 1985. – V. 16. – P. 93–108.

Canon J. The genetic structure of Spanish Celtic horse breeds inferred from microsatellite data / J. Canon, M. L.Checa, S. C. Carleo, J. L. Vega-Pla, M. Vallejo, S. Dunner // Anim. Genet. – 2000. – V. 31. – P. 39–48.

Carter M.J. An inexpensive and simple method for DNA purifications on silica particles / M. J. Carter, I. D. Milton // Nucleic Acids Res. – 1993. – Vol. 21. – P. 1044–1046.

Cunningham E.P. Microsatellite diversity, pedigree relatedness and the contributions of founder lineages to thoroughbred horses / E. P. Cunningham, J. J. Dooley, R. K. Splan, D. G. Bradley, // Anim Genet. – 2001. – V. 32. P. 360–364.

Eding H. Assessing the contribution of breeds to the genetic diversity in conservation schemes / H. Eding, P.M.A.Crooijmans, M.A.M. Groenne, T.H.E Meuwissen. // Genetics Selection Evolution. – 2002. – V. 34. – P. 613–633.

Erhardt G. Use of moleculаr mаrkers for evаluаtion of genetic diversity in аnimаl production / G. Erhardt, C. Weimann // Arch. Latinoam. Prod. Anim. – Vol. 15 (Supl. 1).

Hiendleder S. Mapping of QTL for body conformation and behaviour in cattle / S. Hiendleder, H. Thomsen, N. Reinsch, J. Bennewitz, B. Leyhe-Horn, C. Looft, N. Xu, I. Medjugorac, I. Russ, C. Kuhn, G.A. Brockmann, J. Blumel, B. Brenig, F. Reinhardt, R. Reents, G. Averdunk, M. Schwerin, M. Forster, E. Kalm, G. Erhardt// Journal of Heredity. – 2003. – V. 94. – P. 496–506.

Ishida N. Mitochondrial DNA sequences of various species of the genus Equuswith special reference to the phylogenetic relationship between Przewalskii’s wild horse and domestic horse / N. Ishida, T. Oyunsuren, S. Mashima, H. Mukoyama, N. Saitou // J Mol Evol. – 1995. – V. 41. – P. 180–188.

Iwanczyk E. Genetic Structure and Phylogenetic Relationships of the Polish Heavy Horse / E. Iwanczyk, R. Juras, G. Cholewinski, E. Gus Cohran // J. Appl. Genet. –2006. – Vol. 47, 4. – P. 353–359.

Jann O. C. Geographic distribution of haplotypes diversity at the bovine casein locus/ O. C. Jann, E.M. Ibeagha-Awemu, C. Ozbeyaz, P. Zaragoza, J. L. Williams, P. Ajmone-Marsan, J. A. Lenstra, K. Moazami-Goudarzi, G. Erhardt // Genetic Selection and Evolution. – 2004. – V. 36. – P. 243–257.

Kavar T. Domestication of the horse: Genetic relationships between domestic and wild horses / T. Kavar, P. Dovc // Livest Sci. – 2008. – V. 116 (1–3). – P. 1–14.

Khanshour Anas M. Maternal phylogenetic relationships and genetic variation among Arabian horse populations using whole mitochondrial DNA D-loop sequencing BMC / Anas M. Khanshour, Ernest Gus, Cothran Khanshour // Genetics. – 2013. –V.14 . – P. 83.

Kim KI. Phylogenetic relationships of Cheju horses to other horse breeds as determined by mtDNA D-loop sequence polymorphism / KI. Kim, YH. Yang, SS. Lee, C. Park, R. Ma, JL. Bouzat, HA. Lewin // Anim Genet. – 1999. – V. 30 (2) . – P.102–108.

Kol, N. V. Polymorphism of ISSR–PCR Markers in Tuvinian Population of Reindeer Rangifer tarandus / N. V. Kol, O. E. Lazebnyi// Russ. J. Genet. – 2006. –Vol. 42, 12. – P. 1464–1466.

Kuhn, C. Quantitative trait loci mapping of functional traits in the German Holstein cattle population/ C. Kuhn, J. Bennewitz, N. Reinsch, N. Xu, H. Thomsen, C. Looft, C. A. Brockmann, M. Schwerin, C. Weimann, S. Hiendleder, G. Erhardt,G., I. Medjugorac, M. Forster, B. Brenig, F. Reinhardt, R. Reents, I. Russ, G. Averdunk, J. Blumel, E. Kalm // Journal of Dairy Science. – 2003. – V. 86. – P. 360–368.

Negrini R. Differentiation of European Cattle by AFLP fingerprinting / R. Negrini, I. J. Nijmann, E. Milanesi, K. Moazami Goudarzi, J. J. Williams, G. Erhardt, S. Dunner, C. Rodellar, A. Valentini, D.G. Bradley, I. Olsaker, J. Kantanen, P. Ajmone-Marsan, J. A. Lenstra, the European Cattle Genetic Diversity consortium // Animal Genetics. – 2007. – V. 38. – P. 60–66.

Nei M. Mathematical model for studying genetic variation in terms restriction endonucleases / M. Nei, W.-H. Li // Proceedings the National Academy Sciences. USA. – 1979. – V. 76. – P. 5269–5273.

Nozawa K. Phylogenetic relationships among Japanese native and alien horses estimated by protein polymorphisms / K. Nozawa, T. Shotake, S. Ito, Y. Kawamoto // J. Equine Sci. – 1998. – V. 9. – P. 53–69.

Peacall R. GENALEX 6: genetic analisys in Excel Population genetic software and research / R. Peacall, P. E Smouse // Molecula Ecology Notes. – 2006. – V. 6. – P. 288–295.

Peter, C. Genetic diversity and subdivision of 57 European and Middle-Eastern sheep breeds / C. Peter, M. Bruford, T. Perez, S. Dalamitra, G. Hewitt, G. Erhardt // Animal Genetics. –2007. – V. 38. – P. 37–44.

Raina, S. N. RAPD and ISSR Fingerprints for Analysis of Genetic Diversity, Varietal Identification, and Phylogenetic Relationships in Peanut (Arachis hypogaea) Cultivars and Wild Species/ S. N. Raina, V. Rani, T. Kojima // Genome. – 2001. – Vol. 44, 5. – P. 763–772.

Taberlet P. Are cattle, sheep, and goats endangered species? / P. Taberlet, A. Valentini, H. R. Rezaei, S. Naderi, F. Pompanon, R. Negrini, P. Ajmone-Marsan // Molecular Ecology, in press. – 2007.

Takezaki N. Genetic distances and reconstruction of phylogenetic trees from microsatellite DNA / N. Takezaki, M. Nei // Genetics. – 1996. – V.144. – P. 389–399.

Tozaki N. Mukoyama Microsatellite Variation in Japanese and Asian Horses and Their Phylogenetic Relationship Using a European Horse Outgroup / N. Tozaki, T. Takezaki, N.Hasegawa, M. Ishida, M. Kurosawa, N. Tomita, H. Saitou // Journal of Heredity. – 2003. – V. 94 (5). – P. 374–380.

Van de Peer Y. TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing evolutionary trees for the Microsoft Windows environment // Computer Application in the Biosciences. 1994. – V. 10, № 5. – P. 569–570.

Vila C. Widespread origins of domestic horse lineages / C. Vila, JA. Leonard, A. Gotherstrom, S. Marklund, K. Sandberg, K. Liden, RK. Wayne, H. Ellegren // Science. – 2001. – V. 291. – P. 474–477.

Weitzman M. L. What to preserve? An application of diversity theory to crane conservation // The Quarterly Journal of Economics. – 1993. – V. 108. – P. 157–183.

Zietkiewicz E. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification / E. Zietkiewic, A. Rafalski, D. Labuda // Genomics. – 1994. – V. 20.– P. 176–183.