Порівняльний аналіз генетичної структури веслоноса (Polyodon spathula) українських популяцій
DOI:
https://doi.org/10.31548/bio2018.03.025Анотація
Проведено порівняльний аналіз генетичної структури трьох популяцій веслоноса за мікросателітними ДНК-маркерами та встановлено, що найбільш поліморфною була херсонська популяція (25 алельних варіантів), а найменш поліморфною – чернігівська популяція (21 алельний варіант). Максимальне значення кількості алелів на локус (Na) встановлено для популяції Херсонської обл. – 6,25, а мінімальне – 5,25 для популяції Чернігівської обл. Згідно аналізу рівнів гетерозиготності для кожної з трьох українських популяцій зафіксовано переважання фактичної гетерозиготності (Ho = 0,730), над теоретичною (He = 0,619). Середні значення індексу фіксації (Fis) коливалися від Fis = –0,176 (чернігівська популяція) до Fis = –0,129 (вінницька популяція), що свідчить про збереження генетичного поліморфізму у штучних популяціях веслоноса в умовах аквакультури. Розраховані середні значення індексу PIC свідчать про те, що досліджувані локуси були достатньо поліморфними (Р > 0,550). Значення комбінованої вірогідності виключення випадкового збігу алелів (CPE) в середньому для популяцій веслоноса становило 0,912, що вказує на 91,2 % інформативності обраної панелі мікросателітних ДНК-маркерів.
Ключові слова: веслоніс, мікросателіти, ДНК-маркери, локус, алель, гетерозиготність, поліморфізм, генетична структура
Посилання
Tretiak, O.M., Tarasiuk S.I. (2011) Analiz henetychnoi struktury hrup veslonosa za okremymy henetyko-biokhimichnymy systemamy. Rybohospodarska nauka Ukrainy, 1, 50-57.
Mims, S. (2001) Aquaculture of Paddlefish in the United States Aquat. Living Resour, 14, 391−398.
https://doi.org/10.1016/S0990-7440(01)01137-8
Pikitch E., Doukakis P., Lauck I., P. Chakraborty, D.L. Erickson (2005) Status, trends and management of sturgeon and paddlefish fisheries. Fish Fish, 6, 233-265. https://doi.org/10.1111/j.1467-2979.2005.00190.x
Tretiak O.M. (2010) Systema naukovo obgruntovanoho rozvytku akvakultury veslonosa v Ukraini. Rybohospodarska nauka Ukrainy, 2, 3–25.
Kurtа K.M., Malysheva O.O., Grishyn B.O., Getia A.A., Babenko V.I. Shynkarenko L.M., Spyrydonov V. H. (2017) Identyfikatsiia alelnykh variantiv mikrosatelitnoi DNK veslonosa (Polyodon spathula). Bioresursy i pryrodokorystuvannia Ukrainy, T. 9, 5-6. Dostup za posylanniam. http://journals.nubip.edu.ua/index.php/Bio/article/view/9590
Kaczmarczyk D. Luczynski M., Kolman R. (2008) Assemblage of spawning pairs of farmed American paddlefish based on their individual genetic profiles – a new tool in managing of the broodstock`s gene pool. Summary document of Aquaculture Eurupe, 36-37.
Tymoshkyna N.N. Vodolazhskyy D.Y., Usatov A.V. (2010) Molekulyarno-henetycheskye markery v yssledovanyy vnutry-y mezhvydovoho polymorfyzma osetrovykh ryb (Acipenseriformes). Эkolohycheskaya henetyka, V.8 (1), 12–24.
Chistiakov D.A., Hellemans B., Volckaert F.A.M. (2006) Microsatellites and their genomic distribution, evolution, function and applications: A review with special reference to fish genetics. Aquaculture. № 255 (1-4). 1-29. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2005.11.031
Muhina Zh. M. Dubina E.V Molekulyarnyie markeryi i ih ispolzovanie v selektsionno-geneticheskih issledovaniyah / Zh. M. Muhina, // Nauchnyiy zhurnal KubGAU. 2011. 66. 97-107.
Нeist E.J, Mustapha A. (2008) Genetic Structure in Paddlefish Inferred from DNA Microsatellite Loci. Transactions of the American Fisheries Society, 137, iss. 3, 909–915.
Wirgin I. I., Stabile J. E., Waldman J. R. (1997) Molecular analysis in the conservation of sturgeons and paddlefish. Environmental Biology of Fishes. 48(1), 385-398. https://doi.org/10.1023/A:1007306911163
Dudu A, Suciu R., Parashiv M., Georgescu S.E., Costache M., Berrebi P. (2011) Nuklear Markers of Danube Sturgeons Hibridization. Melecular Sciences, 12, 6796-6809.
May B., Krueger C.C., Kincaid H.L. (1997) Genetic variation at microsatellite loci in sturgeon: primers sequence homology in Acipenser and Scaphirhynchus. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 54, 1542–1547. https://doi.org/10.1139/f97-061
Kaczmarczyk D., Kohlmann K., Kersten P., Luczynski M. (2007) Polymorphism of microsatellite loci – a tool in studying biodiversity of paddlefish aquaculture broodstock. Environmental Biotechnology, 3, 44–48.
Zheng, X., Schneider, K., Lowe, J. D., Gomelsky, B., Mims, S. D., Bu, S. (2014). Genetic structure among four populations of paddlefish, Polyodon spathula (Actinopterygii: Acipenseriformes: Polyodontidae), based on disomic microsatellite markers. Acta Ichthyol. Piscat. 44 (3): 213–219.
https://doi.org/10.3750/AIP2014.44.3.05
Carter M. J., Milton I. D. (1993) An inexpensive and simple method for DNA purifications on silica particles. Nucleic Acids Res, 21, 1044—1046. https://doi.org/10.1093/nar/21.4.1044
Kurta Kh.M. Malysheva O.O., Spyrydonov V.H. (2017) Optymizatsiia umov polimeraznoi lantsiuhovoi reaktsii dlia doslidzhennia mikrosatelitnoi DNK veslonosa (Polyodon spathula). Biolohiia tvaryn, 19, № 2, 56-63.
Wright S. (1951) The genetical structure of populations. Ann. Eugethcs 15: 323-354.
Kalinowski S.T., M.L. Taper, T.C. Marshall (2007) Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment. Molecular Ecology, 16, 5, 1099-1106. https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2007.03089.x
Marshall T.C. et al (1998) Statistical confidence for likelihood-based paternity inference in natural populations. Mol.ecol, 639-655. https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.1998.00374.x
Peakall R., Smouse P.E. (2006) GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes, 6, 288–295. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x
Завантаження
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Стосунки між правовласниками і користувачами регулюються на умовах ліцензії Creative Commons Із Зазначенням Авторства – Некомерційна – Поширення На Тих Самих Умовах 4.0 Міжнародна (CC BY-NC-SA 4.0):https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/deed.uk
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див.The Effect of Open Access).
