Ідентифікація алельних варіантів мікросателітної ДНК веслоноса (Polyodon Spathula)

Kh. M. Kurta, О. O. Malysheva, B. O. Hrishyn, А. A. Getya, L. M. Shynkarenko, V. H. Spyrydonov

Анотація


У даній роботі було досліджено генетичний поліморфізм мікросателітних локусів ДНК веслоноса (Polyodon spathula) (n = 38) за обраною панеллю маркерів: Psp12, Psp21, Psp26 та Psp28. На основі мікросателітного аналізу за всіма локусами було виявлено 24 алельних варіанти. Найбільшим рівнем поліморфізму характеризували- ся локуси Psp26 та Psp28 (по 7 алельних варіантів), а найменшим – локус Psp21 (4 алельні варіанти). Для локусу Psp12 було ідентифіковано два нові алельні варіанти 214 п.н.(5,26 %) та 216 п.н. (34,21 %), а для локусу Psp26 – один новий алельний варіант – 164 п.н.(7,90 %). Згідно популяційних розрахунків було встановлено, що в даній групі риб переважають особини з гетерозиготними генотипами та спостерігається достатньо високий рівень генетичної мінливості.

Ключові слова: веслоніс (Polyodon spathula), мікросателіти, ДНК-маркери, локус, алель, полі- морфізм, генетична структура


Повний текст:

PDF

Посилання


Kurta Kh.M., Malysheva O.O., Spyrydonov V.H. (2016) Suchasnyi stan ta perspektyvy doslidzhen henetychnoi struktury veslonosa (Polyodon spathula). Naukovi dopovidi Natsionalnoho universytetu bioresursiv i pryrodokorystuvannia Ukrainy, 6 (63).

URL: http://journals.nubip.edu.ua/index.php/Dopovidi/issue/view/308

Mims, S. (2001) Aquaculture of Paddlefish in the United States Aquat. Living Resour, 14, 391−398.

Zheng X., Schneider K., Lowe J. D. [et all] (2014) Genetic structure among four populations of paddlefish, Polyodon spathula (Actinopterygii: Acipenseriformes: Polyodontidae), based on disomic microsatellite markers, Acta. Ichthyol. Piscat, 44 (3), 213–219.

Kaczmarczyk D., Kolman R., Luczynski M., Tretyak A. M. (2008) Choosing spawning pairs based on individual genetic characteristics: a new tool for the management of American paddlefish (Polyodon spathula) resources. Actual status and active protection fish populations endangered by extinction. – Olsztyn, 211-221.

Malysheva O.O., Spyrydonov V.H., Melnychuk S.D. (2014) Henetychna struktura populiatsii sterliadi (Acipenser ruthenus) za mikrosatelitnymy markeramy DNK. Visnyk sumskoho natsionalnoho ahrarnoho universytetu: Seriia «Tvarynnytstvo», 2/1 (24), 212-215.

Malysheva O.O., Spyrydonov V.H., Melnychuk S.D (2014) Identyfikatsiia alelnykh variantiv mikrosatelitnoi DNK v henetychnii strukturi populiatsii bestera (Acipenser Nikoljukini). Naukovyi visnyk NUBiP Ukrainy, 202, 24-30.

Chistiakov D.A, Hellemans B. (2005) Microsatellites and their genomic distribution evolution function and applications: A review with special reference to fish genetics. Review. Aquacul, 29.

Kaczmarczyk D. Luczynski M., Kolman R. (2008) Assemblage of spawning pairs of farmed American paddlefish based on their individual genetic profiles – a new tool in managing of the broodstock`s gene pool. Summary document of Aquaculture Eurupe, 36-37.

Dudu, R. Suciu, M. Parashiv [et all] (2011) Nuklear Markers of Danube Sturgeons Hibridization. Melecular Sciences, 12, 6796-6809.

Heist E.J., Nicholson E.H., Sipiorski J.T. [et all] (2002) Microsatellite markers for the paddlefish (Polyodon spathula). Conservation Genetics, 3, 205-207.

Нeist E.J, Mustapha A. (2008) Genetic Structure in Paddlefish Inferred from DNA Microsatellite Loci. Transactions of the American Fisheries Society, 137, iss. 3, 909–915.

Kaczmarczyk D., Kohlmann K., Kersten P. [et all] (2007) Polymorphism of microsatellite loci – a tool in studying biodiversity of paddlefish aquaculture broodstock. Environmental Biotechnology, 3, 44–48.

Krieger J., Fuerst P.A. (2002) Evidence for a slowed rate of molecular evolution in the order acipenseriformes. Mol Biol Evol, 19 (6), 891-897.

Boom R et al (1990) Rapid and Simple Method for Purification of Nucleic Acids. Journal of Сlinical Microbiology, 28, 495—503.

Carter M. J., Milton I. D. (1993) An inexpensive and simple method for DNA purifications on silica particles. Nucleic Acids Res, 21, 1044—1046.

Kurta Kh.M. Malysheva O.O., Spyrydonov V.H. (2017) Optymizatsiia umov polimeraznoi lantsiuhovoi reaktsii dlia doslidzhennia mikrosatelitnoi DNK veslonosa (Polyodon spathula). Biolohiia tvaryn, 19, № 2, 56-63.

Kalinowski S.T. , M.L. Taper, T.C. Marshall (2007) Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment. Molecular Ecology, 16, 5, 1099-1106.

Marshall T.C. et al (1998) Statistical confidence for likelihood-based paternity inference in natural populations. Mol.ecol, 639-655.

Peakall R., Smouse P.E. (2006) GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes, 6, 288–295.


Метрики статей

Завантаження метрик ...

Metrics powered by PLOS ALM

Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.