Визначення основних метрик різноманіття мікробіомів забруднених радіонуклідами грунтів
DOI:
https://doi.org/10.31548/bio2018.05.010Анотація
Проаналізовано біоінформатичні підходи до визначення основних екологічних характеристик (альфа і бета різноманіття) мікробіомів, отриманих в результаті секвенування ДНК ґрунтових мікроорганізмів. Підібрано методику, що забезпечує найвищу якість і достовірність вихідних даних. В результаті аналізу альфа та бета-різноманіття мікробіому при використанні програми QIIME отримані дані, що свідчать про первинне формування середовища, придатного для майбутнього існування більшого різноманіття мікроорганізмів.
Ключові слова: мікробіом ґрунту, радіонуклідне забруднення, біоінформатичні методиПосилання
Pareniuk, O., Shavanova, K., Laceby, J. P., Illienko, V., Tytova, L., Levchuk, S., … Nanba, K. (2015). Modification of 137Cs transfer to rape (Brassica napus L.) phytomass under the influence of soil microorganisms. Journal of Environmental Radioactivity, 149, 73–80. https://doi.org/10.1016/j.jenvrad.2015.07.003
Parenyuk, O. Yu., Simutin, I. O., Samofalova, D. O., Ruban, Yu. V., Illyenko, V. V., Nesterova, N. G., & Gudkov, I. M. (2017). Pidxody` do in silico analizu metry`k riznomanittya mikrobiomu zabrudneny`x radionuklidamy` g`runtiv. Bioresursy` i Pry`rodokory`stuvannya, 9(5–6), 10–16.
S. Andrews. Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data. URL: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ (accessed 06.12.2018).
Caporaso, J. G., Kuczynski, J., Stombaugh, J., Bittinger, K., Bushman, F. D., Costello, E. K., … Knight, R. (2010). QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nature Methods, 7(5), 335–336. https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303
Kuczynski, J., Stombaugh, J., Walters, W. A., González, A., Caporaso, J. G., & Knight, R. (2012). Using QIIME to analyze 16S rRNA gene sequences from microbial communities. Current Protocols in Microbiology, Chapter 1, Unit 1E.5. https://doi.org/10.1002/9780471729259.mc01e05s27
Pielou, E. C. (1975). Ecological diversity. New York: John Wiley & Sons, Ltd.
McMurdie, P. J., Holmes, S., Kindt, R., Legendre, P., & O’Hara, R. (2013). phyloseq: An R Package for Reproducible Interactive Analysis and Graphics of Microbiome Census Data. PLoS ONE, 8(4), e61217. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0061217
Chao, A., Chiu, C.-H., & Hsieh, T. C. (2012). Proposing a resolution to debates on diversity partitioning. Ecology, 93(9), 2037–2051. https://doi.org/10.1890/11-1817.1
Hill, M. O. (1973). Diversity and evenness: a unifying notation and its consequences. Ecology, 54(2), 427–432. Retrieved from http://biocomparison.ucoz.ru/_ld/0/78_hill_obzor.pdf
Завантаження
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Стосунки між правовласниками і користувачами регулюються на умовах ліцензії Creative Commons Із Зазначенням Авторства – Некомерційна – Поширення На Тих Самих Умовах 4.0 Міжнародна (CC BY-NC-SA 4.0):https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/deed.uk
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див.The Effect of Open Access).
