Ідентифікація алельних варіантів мікросателітної ДНК веслоноса (Polyodon Spathula)

Автор(и)

  • Kh. M. Kurta Українська лабораторія якості і безпеки продукції АПК
  • О. O. Malysheva Інститут ветеринарної медицини НААН України
  • B. O. Hrishyn Інститут рибного господарства НААН України
  • А. A. Getya Національний університет біоресурсів і природокористування України
  • L. M. Shynkarenko Українська лабораторія якості і безпеки продукції АПК
  • V. H. Spyrydonov Інститут ветеринарної медицини НААН України

DOI:

https://doi.org/10.31548/bio2017.05.007

Анотація

У даній роботі було досліджено генетичний поліморфізм мікросателітних локусів ДНК веслоноса (Polyodon spathula) (n = 38) за обраною панеллю маркерів: Psp12, Psp21, Psp26 та Psp28. На основі мікросателітного аналізу за всіма локусами було виявлено 24 алельних варіанти. Найбільшим рівнем поліморфізму характеризували- ся локуси Psp26 та Psp28 (по 7 алельних варіантів), а найменшим – локус Psp21 (4 алельні варіанти). Для локусу Psp12 було ідентифіковано два нові алельні варіанти 214 п.н.(5,26 %) та 216 п.н. (34,21 %), а для локусу Psp26 – один новий алельний варіант – 164 п.н.(7,90 %). Згідно популяційних розрахунків було встановлено, що в даній групі риб переважають особини з гетерозиготними генотипами та спостерігається достатньо високий рівень генетичної мінливості.

Ключові слова: веслоніс (Polyodon spathula), мікросателіти, ДНК-маркери, локус, алель, полі- морфізм, генетична структура

Посилання

Kurta Kh.M., Malysheva O.O., Spyrydonov V.H. (2016) Suchasnyi stan ta perspektyvy doslidzhen henetychnoi struktury veslonosa (Polyodon spathula). Naukovi dopovidi Natsionalnoho universytetu bioresursiv i pryrodokorystuvannia Ukrainy, 6 (63).

URL: http://journals.nubip.edu.ua/index.php/Dopovidi/issue/view/308

Mims, S. (2001) Aquaculture of Paddlefish in the United States Aquat. Living Resour, 14, 391−398.

https://doi.org/10.1016/S0990-7440(01)01137-8

Zheng X., Schneider K., Lowe J. D. [et all] (2014) Genetic structure among four populations of paddlefish, Polyodon spathula (Actinopterygii: Acipenseriformes: Polyodontidae), based on disomic microsatellite markers, Acta. Ichthyol. Piscat, 44 (3), 213-219.

https://doi.org/10.3750/AIP2014.44.3.05

Kaczmarczyk D., Kolman R., Luczynski M., Tretyak A. M. (2008) Choosing spawning pairs based on individual genetic characteristics: a new tool for the management of American paddlefish (Polyodon spathula) resources. Actual status and active protection fish populations endangered by extinction. - Olsztyn, 211-221.

Malysheva O.O., Spyrydonov V.H., Melnychuk S.D. (2014) Henetychna struktura populiatsii sterliadi (Acipenser ruthenus) za mikrosatelitnymy markeramy DNK. Visnyk sumskoho natsionalnoho ahrarnoho universytetu: Seriia «Tvarynnytstvo», 2/1 (24), 212-215.

Malysheva O.O., Spyrydonov V.H., Melnychuk S.D (2014) Identyfikatsiia alelnykh variantiv mikrosatelitnoi DNK v henetychnii strukturi populiatsii bestera (Acipenser Nikoljukini). Naukovyi visnyk NUBiP Ukrainy, 202, 24-30.

Chistiakov D.A, Hellemans B. (2005) Microsatellites and their genomic distribution evolution function and applications: A review with special reference to fish genetics. Review. Aquacul, 29.

https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2005.11.031

Kaczmarczyk D. Luczynski M., Kolman R. (2008) Assemblage of spawning pairs of farmed American paddlefish based on their individual genetic profiles - a new tool in managing of the broodstock's gene pool. Summary document of Aquaculture Eurupe, 36-37.

Dudu, R. Suciu, M. Parashiv [et all] (2011) Nuklear Markers of Danube Sturgeons Hibridization. Melecular Sciences, 12, 6796-6809.

https://doi.org/10.3390/ijms12106796

Heist E.J., Nicholson E.H., Sipiorski J.T. [et all] (2002) Microsatellite markers for the paddlefish (Polyodon spathula). Conservation Genetics, 3, 205-207.

https://doi.org/10.1023/A:1015272414957

Нeist E.J, Mustapha A. (2008) Genetic Structure in Paddlefish Inferred from DNA Microsatellite Loci. Transactions of the American Fisheries Society, 137, iss. 3, 909-915.

https://doi.org/10.1577/T07-078.1

Kaczmarczyk D., Kohlmann K., Kersten P. [et all] (2007) Polymorphism of microsatellite loci - a tool in studying biodiversity of paddlefish aquaculture broodstock. Environmental Biotechnology, 3, 44-48.

Krieger J., Fuerst P.A. (2002) Evidence for a slowed rate of molecular evolution in the order acipenseriformes. Mol Biol Evol, 19 (6), 891-897.

https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a004146

Boom R et al (1990) Rapid and Simple Method for Purification of Nucleic Acids. Journal of Сlinical Microbiology, 28, 495-503.

Carter M. J., Milton I. D. (1993) An inexpensive and simple method for DNA purifications on silica particles. Nucleic Acids Res, 21, 1044-1046.

https://doi.org/10.1093/nar/21.4.1044

Kurta Kh.M. Malysheva O.O., Spyrydonov V.H. (2017) Optymizatsiia umov polimeraznoi lantsiuhovoi reaktsii dlia doslidzhennia mikrosatelitnoi DNK veslonosa (Polyodon spathula). Biolohiia tvaryn, 19, № 2, 56-63.

Kalinowski S.T. , M.L. Taper, T.C. Marshall (2007) Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment. Molecular Ecology, 16, 5, 1099-1106.

https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2007.03089.x

Marshall T.C. et al (1998) Statistical confidence for likelihood-based paternity inference in natural populations. Mol.ecol, 639-655.

https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.1998.00374.x

Peakall R., Smouse P.E. (2006) GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes, 6, 288-295.

https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x

##submission.downloads##

Опубліковано

2018-02-22

Номер

Том 9 № 5-6 (2017)

Розділ

Біологія

Ліцензія

Стосунки між правовласниками і користувачами регулюються на умовах ліцензії Creative Commons Із Зазначенням Авторства – Некомерційна – Поширення На Тих Самих Умовах 4.0 Міжнародна (CC BY-NC-SA 4.0):https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/deed.uk

Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:

  • Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
  • Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
  • Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див.The Effect of Open Access).