Порівняльний аналіз генетичної структури веслоноса (Polyodon spathula) українських популяцій

Kh. Kurta, O. Malysheva, V. Spyrydonov

Анотація


Проведено порівняльний аналіз генетичної структури трьох популяцій веслоноса за мікросателітними ДНК-маркерами та встановлено, що найбільш поліморфною була херсонська популяція (25 алельних варіантів), а найменш поліморфною – чернігівська популяція (21 алельний варіант). Максимальне значення кількості алелів на локус (Na) встановлено для популяції Херсонської обл. – 6,25, а мінімальне – 5,25 для популяції Чернігівської обл. Згідно аналізу рівнів гетерозиготності для кожної з трьох українських популяцій зафіксовано переважання фактичної гетерозиготності (Ho = 0,730), над теоретичною (He = 0,619). Середні значення індексу фіксації (Fis) коливалися від Fis = –0,176 (чернігівська популяція) до Fis =  –0,129 (вінницька популяція), що свідчить про збереження генетичного поліморфізму у штучних популяціях веслоноса в умовах аквакультури. Розраховані середні значення індексу PIC свідчать про те, що досліджувані локуси були достатньо  поліморфними (Р > 0,550). Значення комбінованої вірогідності виключення випадкового збігу алелів (CPE) в середньому для популяцій веслоноса становило 0,912, що вказує на 91,2 % інформативності обраної панелі мікросателітних ДНК-маркерів.

Ключові слова: веслоніс, мікросателіти, ДНК-маркери, локус, алель, гетерозиготність, поліморфізм, генетична структура

 


Повний текст:

PDF

Посилання


Tretiak, O.M., Tarasiuk S.I. (2011) Analiz henetychnoi struktury hrup veslonosa za okremymy henetyko-biokhimichnymy systemamy. Rybohospodarska nauka Ukrainy, 1, 50-57.

Mims, S. (2001) Aquaculture of Paddlefish in the United States Aquat. Living Resour, 14, 391−398.

Pikitch E., Doukakis P., Lauck I., P. Chakraborty, D.L. Erickson (2005) Status, trends and management of sturgeon and paddlefish fisheries. Fish Fish, 6, 233-265. https://doi.org/10.1111/j.1467-2979.2005.00190.x

Tretiak O.M. (2010) Systema naukovo obgruntovanoho rozvytku akvakultury veslonosa v Ukraini. Rybohospodarska nauka Ukrainy, 2, 3–25.

Kurtа K.M., Malysheva O.O., Grishyn B.O., Getia A.A., Babenko V.I. Shynkarenko L.M., Spyrydonov V. H. (2017) Identyfikatsiia alelnykh variantiv mikrosatelitnoi DNK veslonosa (Polyodon spathula). Bioresursy i pryrodokorystuvannia Ukrainy, T. 9, 5-6. Dostup za posylanniam. http://journals.nubip.edu.ua/index.php/Bio/article/view/9590

Kaczmarczyk D. Luczynski M., Kolman R. (2008) Assemblage of spawning pairs of farmed American paddlefish based on their individual genetic profiles – a new tool in managing of the broodstock`s gene pool. Summary document of Aquaculture Eurupe, 36-37.

Tymoshkyna N.N. Vodolazhskyy D.Y., Usatov A.V. (2010) Molekulyarno-henetycheskye markery v yssledovanyy vnutry-y mezhvydovoho polymorfyzma osetrovykh ryb (Acipenseriformes). Эkolohycheskaya henetyka, V.8 (1), 12–24.

Chistiakov D.A., Hellemans B., Volckaert F.A.M. (2006) Microsatellites and their genomic distribution, evolution, function and applications: A review with special reference to fish genetics. Aquaculture. № 255 (1-4). 1-29. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2005.11.031

Muhina Zh. M. Dubina E.V Molekulyarnyie markeryi i ih ispolzovanie v selektsionno-geneticheskih issledovaniyah / Zh. M. Muhina, // Nauchnyiy zhurnal KubGAU. 2011. 66. 97-107.

Нeist E.J, Mustapha A. (2008) Genetic Structure in Paddlefish Inferred from DNA Microsatellite Loci. Transactions of the American Fisheries Society, 137, iss. 3, 909–915.

Wirgin I. I., Stabile J. E., Waldman J. R. (1997) Molecular analysis in the conservation of sturgeons and paddlefish. Environmental Biology of Fishes. 48(1), 385-398. https://doi.org/10.1023/A:1007306911163

Dudu A, Suciu R., Parashiv M., Georgescu S.E., Costache M., Berrebi P. (2011) Nuklear Markers of Danube Sturgeons Hibridization. Melecular Sciences, 12, 6796-6809.

May B., Krueger C.C., Kincaid H.L. (1997) Genetic variation at microsatellite loci in sturgeon: primers sequence homology in Acipenser and Scaphirhynchus. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 54, 1542–1547. https://doi.org/10.1139/f97-061

Kaczmarczyk D., Kohlmann K., Kersten P., Luczynski M. (2007) Polymorphism of microsatellite loci – a tool in studying biodiversity of paddlefish aquaculture broodstock. Environmental Biotechnology, 3, 44–48.

Zheng, X., Schneider, K., Lowe, J. D., Gomelsky, B., Mims, S. D., Bu, S. (2014). Genetic structure among four populations of paddlefish, Polyodon spathula (Actinopterygii: Acipenseriformes: Polyodontidae), based on disomic microsatellite markers. Acta Ichthyol. Piscat. 44 (3): 213–219.

Carter M. J., Milton I. D. (1993) An inexpensive and simple method for DNA purifications on silica particles. Nucleic Acids Res, 21, 1044—1046. https://doi.org/10.1093/nar/21.4.1044

Kurta Kh.M. Malysheva O.O., Spyrydonov V.H. (2017) Optymizatsiia umov polimeraznoi lantsiuhovoi reaktsii dlia doslidzhennia mikrosatelitnoi DNK veslonosa (Polyodon spathula). Biolohiia tvaryn, 19, № 2, 56-63.

Wright S. (1951) The genetical structure of populations. Ann. Eugethcs 15: 323-354.

Kalinowski S.T., M.L. Taper, T.C. Marshall (2007) Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment. Molecular Ecology, 16, 5, 1099-1106. https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2007.03089.x

Marshall T.C. et al (1998) Statistical confidence for likelihood-based paternity inference in natural populations. Mol.ecol, 639-655. https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.1998.00374.x

Peakall R., Smouse P.E. (2006) GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes, 6, 288–295. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x




DOI: http://dx.doi.org/10.31548/bio2018.03.025

Метрики статей

Завантаження метрик ...

Metrics powered by PLOS ALM

Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.